PCR实验室根据所应用的方式可分成实验试剂提前准备、标本采集制取、增加、物质剖析等三或四个区域。仅仅应用即时莹光PCR仪、HIV病毒载量检测仪的PCR实验室，有所述前边三个区域就可以。各区域应彻底单独隔开，不需有一切的气体直达。
PCR实验室对环境污染的防止与操纵：
PCR实验室设计方案的关键难题是怎样防止环境污染。在具体工作上，普遍的有下列几类环境污染种类：增加物质的环境污染；纯天然基因DNA的环境污染；实验试剂的环境污染及其标本采集间的环境污染。因为一旦产生环境污染，试验就务必终止，直至寻找污染物已经，并且试验結果务必废止，需再次开展试验。因此 产生环境污染后再紧紧围绕实验室来找寻污染物不仅用时并且繁杂，消耗资金投入。因而要防止环境污染，最先应以防止，而不是清除。
PCR实验室功能分区分成：
一、一般试验区——法医物证基本检测实验室、法医物证储存室、受案室、检材室、人体骨骼获取实验室、数据比对剖析室、应急淋浴间洗眼睛间、卫浴洁具间、洗衣服间、转录组测序仪专用型UPS主机房
二、独特试验区 / 环境污染控制区——更鞋 / 缓存过道、换衣 / 缓冲间、当场证据DNA获取间（30-50㎡）、嫌疑犯血液DNA获取间(15-30㎡）、实验试剂混配间(15-30㎡）、PCR扩增间(15-30㎡）、增加物质转录组测序间(15-30㎡）
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